כמו ביציות וזרעים, ניתן להקפיא גם עוברים שהתקבלו לאחר הליך של IVF. בהשוואה לביציות, שהן תאים יותר שבריריים (הן מכילות 90% מים), העוברים חזקים יותר ויכולים להסתגל טוב יותר לתהליך ההקפאה וההפשרה לאחר מכן. סיכויי ההריון עם עוברים "טריים" והקפואי הם זהים.
ישנן שתי שיטות להקפאה:
הקפאה איטית – כיום כמעט ולא משתמשים בה בגלל הסיכון הגבוה לפגיעה בתאים, שכן גבישי קרח פוגעים במבנה התא ומפחיתים את חיוניותו.
"ויטריפיקציה" או הקפאה מהירה מאוד. שיטה זו מאפשרת להקפיא את הביצה בזמן הקצר ביותר – מיידית, עם ירידה חדה מאוד של טמפרטורת חנקן נוזלי (עד -196° צלזיוס). חומר זה איננו רעיל ואינו יכול להזיק לחומר הביולוגי. בשיטה זו, אין שלב של גבישיות, דבר שמבטיח את שלמות התא (וכמובן את תפקודו) במהלך ההפשרה.
היום נעשה שימוש בעיקר בוויטריפיקציה. לאחר הקפאה איטית נולד התינוק הבריא הראשון בשנת 1984. בשנת 1990 נולד הילד הראשון לאחר הקפאה מהירה (ויטריפיקציה)
